Nato a Bra il 23 agosto 1827 iniziò a studiare nella sua città le lettere classiche, alle quali si dedicherà anche con una feconda opera di ricercatore. L'obiettivo: lo svecchiamento delle rigide formule con le quali venivano ai suoi tempi insegnata la lingua latina. Questa attività di ricerca si abbina ad una carriera accademica che lo porterà, nel 1863, alla cattedra di professore ordinario di letteratura latina presso l'Università di Bologna. Qui diviene collega di Giosué Carducci ed annovera tra i suoi allievi Giovanni Pascoli. 

Nel 1878 tornò nella sua città dove nacque il figlio Adolfo, maestro compositore e componente dell'Accademia Filarmonica di Bologna (autore delle opere “Jaufré Rudel”, “Trilby” e “Imelda”). Giovan Battista Gandino fu autore di numerosi testi scolastici e di pubblicazioni sulla lingua e letteratura latina, membro delle principali accademie italiane e straniere dell'epoca, oltre a far parte del Consiglio superiore della Pubblica istruzione. Fu uno degli ultimi esponenti del ciceronismo ed ebbe grande influenza su generazioni di studenti e di docenti sino alla prima metà del Novecento. Morì a Bologna il 15 febbraio 1905.